雙溪教會始自 1873 年偕牧師從台北到噶瑪蘭佈教時,在頂雙溪設中途休息站,積極向居民傳福音,並在鄉內行醫拔牙,福音漸漸在此滋長。第一所教堂在 1887 年三月完工,乃石牆茅草頂建築。今日之禮拜堂乃在卓開日牧師時期,經信徒同心協力、搬運砂石重建之鋼筋水泥聖殿,1945 年完工。
教會首批受洗者只有成人及小兒各兩名,時 1888 年七月。在 1960 年代,信徒在牧者積極傳揚下頗有進展,曾一度座無虛席並還聘副牧師協助聖工。然因社會變遷,信徒遷移他鄉,人數大量減少,加上老卓牧師退修後,繼任傳教師註堂年限不長,至今教會之軟體及硬體仍維現狀。